Diversité génétique et évolution de SARS-CoV2 chez l’être humain

Abstract

Notre étude est une synthèse bibliographique concernant le nouveau virus SARS-COV2 à l’origine de la COVID 19 portant sur sa structure, son évolution sa thérapeutique et sa prévention. SARS-CoV-2 est un coronavirus hautement contagieux et pathogène. Il est à l’origine de la COVID-19, qui a menacé et menace toujours la santé humaine et la sécurité publique. Il a été signalé à l'origine à Wuhan, une province de Hubei en Chine, chez des patients qui avaient présenté des pneumopathies sévères inexpliquées. SARS-CoV-2 est un virus enveloppé à ARN de polarité positive de 29,9 kb. Les deux tiers du génome codent pour un vaste gène réplicase traduit en deux polyprotéines, par la suite clivées en protéines non structurales indispensables à la réplication virale. Le tiers restant du génome code essentiellement pour quatre glycoprotéines membranaires Spike (S), de membrane (M) et de l’enveloppe (E) ainsi que la protéine de capside (N). Dès son émergence et jusqu’à la fin de la quatrième vague pandémique en octobre 2021, ce virus a soulevé des questions sur son potentiel évolutif. En effet, plusieurs variants de SARS-CoV-2 sont apparus comme une menace mondiale. L'acquisition de plusieurs mutations a donné naissance à plusieurs variants significatifs. Pour faciliter les débats publics sur les variants, l'OMS recommande de nommer les variants à l'aide des lettres de l'alphabet grec (alpha, bêta, gamma, delta...), plus accessible à un public non scientifique et qui permet d'éviter de stigmatiser le pays où ce variant est initialement découvert. À ce stade, cinq variants sont considérés par l'OMS comme "préoccupants", ceux qui ont d'abord été détectés en Angleterre ou variant Alpha, en Afrique du Sud ou variant Béta puis au Brésil ou variant Gamma (deux variants y ont été observés dont le P1 classé préoccupant). En octobre 2020, un quatrième variant apparu en Inde ou variant Delta a fait l'objet d'une attention particulière. Mais c'est le variant Omicron, détecté en Afrique du sud qui a suscité l'inquiétude partout dans le monde. Le variant alpha porte des mutations possiblement associées à l’affinité de liaison pour le récepteur de l’ACE2 (N501Y), au phénomène de fuite immunitaire dû à la délétion aux positions 69 et 70 de la protéine Spike et à la capacité de fusion avec la cellule hôte. Le variant bêta possède certaines des mêmes mutations, mais aussi les mutations E484K et K417N, qui nuisent à la liaison de certains anticorps. Les mutations K417N et K417T réduiraient l’affinité pour le récepteur de l’ACE2 ; cependant, en présence de la mutation N501Y, l’effet cumulatif serait une hausse de cette affinité comparativement à celle des souches des variants non préoccupants. Le variant gamma porte les mutations E484K et N501Y et présente donc une affinité accrue pour le récepteur de l’ACE2, et recèle aussi un potentiel de fuite immunitaire. Ces nouveaux variants montrent la grande capacité de SARS-CoV2 à s’adapter au cours du temps pour mieux infecter l’organisme et se transmettre plus efficacement. Les mutations de SARS-CoV2 sont donc particulièrement surveillées pour identifier celles qui pourraient conduire à de nouvelles flambées de cas sévères. L’immunodépression profonde représente un réservoir pour générer de nouveaux variants rendant complexe la prise en charge des sujets immunodéprimés. La meilleure façon d’éviter et de ralentir la transmission est d’être bien informée sur la maladie et sur la manière dont le virus se propage. Pour cette raison, plusieurs stratégies vaccinales ont été développées ou en cours de développement. En l'absence d'un traitement antiviral efficace et spécifique contre le SRAS-CoV-2, la disponibilité d'un vaccin prophylactique est cruciale.