Bactériologie des infections àescherichia coli au CHU de Constantine

Abstract

Résumé Escherichia coli est une bactérie commensale du tube digestif humain. Toutefois, certaines souches peuvent acquérir des facteurs de virulence qui les rendent pathogènes responsables d’infections intestinales et extra-intestinales, La montée de leur résistance aux antibiotiques représente un défi important en santé publique. L’objectif de notre étude est de faire l’état de lieux de la bactériologie des souches Escherichia coli isolées à partir de différents types de prélèvements et de déterminer les profils de résistances aux différents antibiotiques couramment utilisés. Durant notre étude (du 1ᵉʳ janvier 2023 au 31 mars 2025), E.coli a été identifié dans 1987 prélèvements microbiologiques provenant de patients hospitalisés et ambulatoires du CHU de Constantine. les prélèvements étaient analysés (examens macroscopique et microscopique) et mises en culture, les souches isolées ont été identifiées par les méthodes classiques et sur Vitek 2. La sensibilité aux antibiotiques a été testée par deux méthodes : la méthode classique de diffusion des disques d’antibiotiques en milieu Mueller-Hinton et sur le le système Vitek 2 selon la standardisation national -2020- (basée sur les normes de CLSI) Cette étude souligne que les souches ont été essentiellement isolées à partir des urines (60,80 %), des pus (21,59 %) et des hémocultures (9,06 %). Les services les plus concernés étaient les services des maladies infectieuses (16,7 %), la chirurgie (16,63%) et la pédiatrie (10,39%)l'E. coli représentait l’espèce prédominante (38,84 % sur l'ensemble des entérobactéries) et (19,15 %) sur toute type espèces confondues. L’étude in vitro a révélé des taux élevés de résistance d’E.coli à l’amoxicilline (84,69 %), à l’association amoxicilline-acide clavulanique (53,46 %), aux fluoroquinolones (45,91 %) et au cotrimoxazole (55,34 %). La céphalosporine de 3ᵉ génération (37,56 %) et les aminosides (22–28 %) présentent des taux préoccupants. Tandis qu’une bonne sensibilité a été observée vis-à-vis de la fosfomycine (2,08 %) et des carbapénèmes (4,8 à 4,9 %). Ces résultats soulignent la nécessité d’une surveillance continue de la résistance, d’un bon usage des antibiotiques (Antimicrobial stewardship) et plaident en faveur d’une caractérisation moléculaire des mécanismes de résistance dans les perspectives futures. الملخص الإشريشيا القولونية هي بكتيريا متعايشة في الجهاز الهضمي للإنسان، إلا أن بعض سلالاتها قد تكتسب عوامل ضراوة تجعلها ممرضة، مسؤولة عن التهابات معوية وخارج معوية. ويُعد تزايد مقاومتها للمضادات الحيوية تحديًا كبيرًا في مجال الصحة العامة. يهدف هذا البحث إلى تقييم الوضعية البكتريولوجية لسلالات الإشريشيا القولونية المعزولة من أنواع مختلفة من العينات، وتحديد أنماط مقاومتها للمضادات الحيوية الشائعة الاستخدام. خلال فترة الدراسة )من 1 يناير 2023 إلى 31 مارس 2025 (، تم التعرف على الإشريشيا القولونية في 1987 عينة ميكروبيولوجية مأخوذة من مرضى مقيمين ومرضى مراجعين في المستشفى الجامعي بقسنطينة. وقد تم تحليل العينات بالفحصين العياني والمجهري، ثم زُرعت على الأوساط المناسبة. تم تحديد السلالات كما أُجري اختبار الحساسية للمضادات الحيوية باستخدام ،Vitek المعزولة باستخدام الطرق التقليدية ونظام 2 وذلك وفقًا للمعايير الوطنية ،Vitek طريقتين: طريقة الانتشار بالأقراص في وسط مولر-هينتون ونظام 2 .)CLSI لعام 2020 )المستندة إلى توصيات أظهرت النتائج أن غالبية السلالات تم عزلها من عينات البول )% 60.80 (، القيح )% 21.59 (، وزراعات ( الدم (% 9.06 )أما المصالح الطبية الأكثر تمثيلا فكانت: الأمراض المعدية )% 16.7 ) , الجراحة )% 16.63 ( وطب الأطفال (% 10,39 وقد مثلت الإشريشيا القولونية النوع السائد بين أفراد عائلة الأمعائيات بنسبة ( 38.84 %)، وبلغت نسبتها 19,15 )من مجموع الأنواع المعزولة كافة. %) كشفت الدراسة عن نسب مرتفعة لمقاومة الإشريشيا القولونية لعدة مضادات حيوية، من بينها :الأموكسيسيلين , 84.6% ) تركيبة الأموكسيسيلين/حمض الكلافولانيك )% 53.46 ) ، الفلوروكينولونات )% 45.9 ( )الكوتريموكسازول (% 55.34 )كما سُجلت نسب مقاومة مقلقة تجاه السيفالوسبورينات من الجيل الثالث 28 )في المقابل، لوحظت فعالية جيدة لكل من الفوسفوميسين – %37.56 (، والأمينوغليكوزيدات (% 22 ( (4.9 % %2.08 (، والكاربابينيمات )بين 4.8 ( تشير هذه النتائج إلى ضرورة المراقبة المستمرة لظاهرة مقاومة المضادات الحيوية، وترشيد استخدامها )برنامج الاشراف على مضادات الميكروبات( كما تؤكد على أهمية التوجه نحو التحليل الجزيئي لآليات المقاومة في الدراسات المستقبلية. الكلمات المفتاحية :الإشريشيا القولونية، مقاومة المضادات الحيوية، علم الأوبئة. Abstract Escherichia coli is a commensal bacterium of the human gastrointestinal tract. However, certain strains can acquire virulence factors that render them pathogenic, leading to both intestinal and extra-intestinal infections. The rise in antibiotic resistance among these strains represents a significant public health challenge. The objective of our study is to assess the bacteriological profile of E.coli strains isolated from various types of clinical samples and to different commonly used antibiotics During our study period (from January 1, 2023, to March 31, 2025), E. coli was identified in 1,987 microbiological samples collected from both hospitalized and outpatient individuals at the University Hospital Center (CHU) of Constantine. The samples were subjected to macroscopic and microscopic examinations, followed by culture. The isolated strains were identified using conventional biochemical methods and the Vitek 2 system. Antibiotic susceptibility testing was performed using two methods: the standard disk diffusion technique on Mueller-Hinton agar and the Vitek 2 system, in accordance with the 2020 national guidelines based on CLSI standards. This study highlighted that the majority of E. coli strains were isolated from urine samples (60.80%), followed by pus (21.59%) and blood cultures (9.06%). The most affected hospital departments were Infectious Diseases (16.7%), Surgery (16.63%), and Pediatrics (10.39%). E. coli was the predominant species among Enterobacteriaceae, accounting for 38.84%, and represented 19.15% of all isolated bacterial species. The in vitro analysis revealed high resistance rates to amoxicillin (84.69%), amoxicillin– clavulanic acid (53.46%), fluoroquinolones (45.91%), and cotrimoxazole (55.34%). Concerning resistance levels were also observed for third-generation cephalosporins (37.56%) and aminoglycosides (22–28%). In contrast, low resistance rates were noted for fosfomycin (2.08%) and carbapenems (4.8–4.9%). These findings underscore the need for continuous monitoring of antibiotic resistance, the rational use of antimicrobial agents (antimicrobial stewardship), and support the inclusion of molecular studies to characterize resistance mechanisms in future research. Keywords: Escherichia coli, antibiotic resistance, epidemiology.