Apport du Biofire®Film Array®Gastro-intestinal Panel (GI) dans le diagnostic étiologique Des gastro-entérites

Abstract

RÉSUMÉ La gastro-entérite (GE) est une inflammation aiguë du tractus digestif, caractérisée principalement par une diarrhée. Les facteurs étiologiques sont multiples, mais la majorité des cas sont d’origine infectieuse. Le diagnostic repose encore largement sur des méthodes conventionnelles. Ces techniques sont chronophages et manquent souvent de sensibilité et de spécificité. L’émergence de la biologie moléculaire, notamment des panels syndromiques multiplex comme le BioFire® GI Panel, a révolutionné le diagnostic microbiologique des GE inféctieuses en permettant la détection rapide, simultanée et sensible de multiples agents entéro-pathogènes (virus, bactéries et parasites) à partir d’un seul échantillon de selles. L’objectif principale de notre travail est d’évaluer l’apport du BioFire® GI Panel dans le diagnostic étiologique des GE infectieuses et mesurer son efficacité dans l’amélioration de la prise en charge des patients. Notre étude est prospective à visée descriptive, menée au sein du laboratoire de microbiologie de l’Hôpital Militaire Régional Universitaire de Constantine (HMRUC), durant la période, allant du 2 février au 30 juin 2025. La population cible de notre étude comprend 30 patients hospitalisés, ou consultant en ambulatoire. La population étudiée est globalement jeune, avec une moyenne d’âge de 20,08 ± 18,82 ans, un sex-ratio H/F de 0,76, et une prédominance pédiatrique atteignant 53,3 %. Sur le plan clinique, 76,7 % des patients présentaient un tableau évocateur de diarrhée aiguë infectieuse. De plus, 70 % d’entre eux présentaient d'autres signes associés à la GE, et 86,7 % ne rapportaient aucun antécédent de GE. L’analyse microbiologique des selles par PCR multiplex a révélé une grande diversité d’agents pathogènes, avec une nette prédominance des bactéries. L’analyse des corrélations entre les paramètres cliniques, démographiques et biologiques et les résultats des différentes méthodes diagnostic n’a mis en évidence aucune association significative avec le sexe, le type de diarrhée (aiguë ou chronique), les antécédents de GE, ni le type d’antibiothérapie (curative ou probabiliste). Cependant, les résultats indiquent une meilleure performance de la PCR multiplex chez la population pédiatrique. En parallèle, une fréquence élevée des selles (> 5/jour) était significativement corrélée à la positivité des méthodes conventionnelles. Enfin, un lien significatif a été observé entre le délai d’hospitalisation, le moment du prélèvement et la performance des méthodes conventionnelles. Le BioFire® GI Panel représente une avancée significative dans le diagnostic étiologique des GE infectieuses, notamment chez les enfants et dans les contextes où les prélèvements sont réalisés tardivement. Ces résultats encouragent l’utilisation complémentaire des méthodes conventionnelles et moléculaires afin d’optimiser le rendement diagnostic. Mots clés : BioFire® GI Panel, Corrélations, Diarrhée, Étude prospective, Gastro-entérite (GE), GE infectieuses, Méthodes conventionnelles, Panels syndromiques multiplex. ملخص التهاب المعدة والأمعاء (GE (هو التهاب حاد في الجهاز الهضمي، يتميز بشكل رئيسي بالإسهال. العوامل المسببة متعددة، لكن معظم الحالات تكون ذات منشأ معٍد. ال يزال التشخيص يعتمد إلى حد كبير على الطرق التقليدية، وهي طرق تستغرق وقتًا طويلا وغالبًا ما تفتقر إلى الحساسية والنوعية. وقد أحدث ظهور البيولوجيا الجزيئية، وخاصة الألواح المتعددة للكشف عن المتلازمات مثل لوحةPanel GI® BioFire ، ثورة في التشخيص الميكروبيولوجي الالتهاب المعدة والأمعاء المعدي، حيث م َّكن من الكشف السريع والمتزامن والحساس عن مسببات الأمراض المعوية المتعددة )الفيروسات والبكتيريا والطفيليات( من عينة براز واحدة. الهدف الرئيسي من عملنا هو تقييم إسهام لوحة Panel GI® BioFire في التشخيص السببي لالتهاب المعدة والأمعاء المعدي وقياس فعاليتها في تحسين إدارة المرضى .ا جريت في مختبر دراستنا هي دراسة وصفية مستقبلية، أ ر الأحياء الدقيقة بالمستشفى العسكري الجامعي الإقليمي قسنطينة(HMRUC ، (خلال الفترة الممتدة من 2 فيفري إلى 30 جوان 2025 .شملت عينة الدراسة 30 مريًض ا، سواء كانوا من المقيمين في المستشفى أو من المرضى الخارجيين. كانت الفئة المدروسة صغيرة السن نسبيًا، بمتوسط عمر 82,18 ± 08,20سنة، ونسبة الذكور إلى الإناث 76.0 ،مع هيمنة الحالات لدى الأطفال بنسبة 3.53 .%من الناحية السريرية، ظهرت على 7.76 %من المرضى أعراض تشير إلى إسهال حاد معدي. بالإضافة إلى ذلك، كان 70 %منهم يعانون من أعراض أخرى مرتبطة بالتهاب المعدة والأمعاء، بينما لم يذكر 7.86 %أي تاريخ سابق للإصابة بالتهاب المعدة والأمعاء. وكشف التحليل الميكروبيولوجي للبراز باستخدام PCR المتعدد عن تنوع كبير في مسببات الأمراض، مع هيمنة واضحة للبكتيريا. لم يُظهر تحليل الارتباطات بين المعايير السريرية والديموغرافية والبيولوجية ونتائج الطرق التشخيصية المختلفة أي عالقة ذات داللة إحصائية مع الجنس، أو نوع الإسهال )حاد أو مزمن(، أو التاريخ المرضي السابق بالتهاب المعدة والأمعاء، أو نوع العلاج بالمضادات الحيوية )عالجي أو احتمالي(. ومع ذلك، أشارت النتائج إلى أداء أفضل لـ PCR المتعدد لدى الفئة العمرية للأطفال. في المقابل، ارتبط تكرر حركة الأمعاء ( ABSTRACT: Gastroenteritis (GE) is an acute inflammation of the digestive tract, primarily characterized by diarrhea. The etiological factors are diverse, but the majority of cases are of infectious origin. Diagnosis still largely relies on conventional methods, which are time-consuming and often lack sensitivity and specificity. The emergence of molecular biology, particularly multiplex syndromic panels like the BioFire® GI Panel, has revolutionized the microbiological diagnosis of infectious GE by enabling rapid, simultaneous, and sensitive detection of multiple enteric pathogens (viruses, bacteria, and parasites) from a single stool sample. The primary objective of our work is to evaluate the contribution of the BioFire® GI Panel in the etiological diagnosis of infectious GE and measure its effectiveness in improving patient management. Our studyis a prospectivedescriptivestudyconducted in themicrobiologylaboratoryoftheRegional University MilitaryHospitalofConstantine(HMRUC) from February2 toJune30,2025.Thetargetpopulation ofour study includes 30 hospitalized or outpatient patients. Thestudypopulation wasrelativelyyoung, with ameanage of20,08±18,82years, amale-to-femalesexratioof 0.76, and a predominance of pediatric cases reaching 53.3%. Clinically, 76.7% of patients presented symptoms suggestive ofacute infectious diarrhea.Additionally, 70% of them exhibited other signs associated with GE, and 86.7% reported no history of GE. Microbiological stool analysis by multiplex PCR revealed a wide diversity of pathogens, with a clear predominance of bacteria. Analysis of correlations between clinical, demographic, and biological parameters and the results of different diagnosticmethodsrevealednosignificantassociationwithsex,typeofdiarrhea(acuteorchronic),historyofGE, ortypeofantibiotictherapy(curativeorempirical).However,theresultsindicatebetterperformanceofmultiplex PCR in the pediatric population.At the same time, a high stool frequency (>5/day) was significantly correlated with the positivity of conventional methods. Finally, a significant link was observed between the time of hospitalization, the timing of sample collection, and the performance of conventional methods. The BioFire® GI Panel represents a significant advancement in the etiological diagnosis of infectious GE, particularlyin children and in cases where samples arecollected late.These findings supportthe complementary use of conventional and molecular methods to optimize diagnostic yield. Keywords: BioFire® GI Panel, Correlations, Diarrhea, Prospective study, Gastroenteritis (GE), Infectious GE, Conventional methods, Multiplex syndromic panels.