Relation Structure Activité :Substances naturelles versus bactérie

Abstract

RESUME Le présent travail s’articule autour de la recherche d’éventuels inhibiteurs antimicrobiens issus du métabolisme secondaire des plantes. Cette expérimentation visant à tester l’efficacité de 20 flavonoïdes vis-à-vis de Streptococcus pneumoniae, un microorganisme responsable des infections broncho-pulmonaires et oto-rhino-laryngologiques est réalisée grâce à une étude in silico en 2 étapes. La première, effectuée par le biais du docking moléculaire, vise à prédire la structure 3D d’un complexe formé à partir de petites molécules et d’une enzyme afin d’évaluer le mode d’interactions établies entre les deux entités. Dans ce contexte, ArgusLab 4.01 logiciel libre, est utilisé pour estimer l’affinité des flavonoïdes choisis vis-à-vis de la peptide déformylase (PDF), une enzyme essentielle à la survie des bactéries. (Gbind), l’énergie libre de formation de chaque complexe est déduite. La seconde, le SAR, consiste à trouver une corrélation entre les descripteurs moléculaires d’un groupe de composés et leur activité biologique. Leur estimation, grâce au logiciel en ligne Molinspiration, permet de déduire le caractère antibactérien des flavonoïdes testés. D’après les résultats obtenus, toutes les molécules étudiées présentent des capacités d’inhibition vis-à-vis de la peptide déformylase. La chrysine se classe en première position. Mots clés : Flavonoïdes, docking, QSAR, ArgusLab 4.01, Molinspiration, Streptococcus pneumoniae